肯尼亚曾经是英国的殖民地，他演戏了英国的体系与制度。在肯尼亚注册公司需要根据肯尼亚当地法律法规进行注册。肯尼亚公司注册分为有注册资本的子公司和无注册资本的分公司两种，两种类型的公司颁发的营业执照不相同，当然公司形式不同纳税也不一样。

肯尼亚税收征收、管理、监督等由肯尼亚税务局执行，肯尼亚税务局对居民和非居民在肯尼亚产生全部收入征税。肯尼亚最主要的税种包括个人所得税、营业税、增值税、关税、预扣税、公司所得税等。外资在肯尼亚设立公司后主要涉及关税、铁路发展税、增值税、公司所得税、个人所得税、预扣税这六种税种。

1.肯尼亚税务局对进口到肯尼亚的商品征收关税（Customs Duties），目前关税税率在10%到20%不等，关税在进口清关时根据进口产品、品名的不同来缴纳相应税率的金额。

2.肯尼亚从2014年7月1日起对进口至肯尼亚的商品加征1.5%的铁路发展税（Railway Development Duty）该税种也是要在清关时缴纳。

3.肯尼亚公司注册后在当地发生的商业交易每一个环节都应该缴纳增值税（Value Added Tax简称VAT）增值税又分进项税和销项税，分公司运营时向客户收的款需征收16%的增值税为进项税向供应商或服务商付款时加收的16%增值税为销项税。每月进项税与销项税的差额就是实际该缴纳的增值税金额。

4.公司所得税（Company Income Tax）该税种针对在肯尼亚当地发生的商业交易的利润，不管是在肯尼亚公司还是没在肯尼亚的公司重要在肯尼亚发生交易利润都要缴纳公司所得税，只是税率有不同。在肯尼亚注册的缴纳公司所得税为利润的30%，未在肯尼亚注册公司的缴纳公司所得税为利润的37%，若公司未产生利润则不需要缴纳公司所得税。

5.肯尼亚公司注册后雇请当地员工的需要为当地员工缴纳个人所得说（Personal Income Tax）个人所得税征税起点为12000肯先令，月薪不超过12000肯先令的雇员不需缴纳个人所得税。

肯尼亚公司报税周期：肯尼亚公司关税和铁路发展税是在进口清关时就需进行缴纳的，增值税、预扣税是按月进行缴纳；公司所得税和个人所得说按年度缴纳。